目的 观察特发性身材矮小(ISS)患儿肠道菌群变化，并分析其与患儿体格发育的关系。方法 选取本院2020年5月至2022年5月收治的106例ISS患儿设为ISS组，另同期选取106例在本院行健康体检的正常儿童作为对照组，检测两组体格发育指标[包括身高、体重、身体质量指数(BMI)、骨龄]，并收集粪便样本检测肠道菌群，另采用Pearson法分析ISS患儿肠道菌群与体格发育指标的相关性。结果 ISS组身高、体重、BMI、骨龄均低于对照组(P<0.05)；ISS组与对照组肠道菌群检出率无显著差异(P>0.05)；ISS组酵母菌、肠球菌、产气荚膜梭菌水平比较无明显差异(P>0.05)，ISS组大肠杆菌水平高于对照组，乳酸杆菌、双歧杆菌、拟杆菌水平低于对照组(P<0.05)；ISS患儿乳酸杆菌、双歧杆菌水平与身高、体重、BMI、骨龄呈正相关(P<0.05)，拟杆菌水平与身高、体重、BMI呈正相关(P<0.05)。结论 ISS患儿乳酸杆菌、双歧杆菌、拟杆菌等厌氧菌水平明显下降，肠杆菌、乳酸杆菌、双歧杆菌、拟杆菌水平与体格发育指标具有相关性，可能是ISS发病的原因之一。