目的 对1例原发性小头畸形患儿进行临床分析和基因检测，以明确致病原因。方法 对1例原发性小头畸形患儿的临床资料进行回顾性分析。采用下一代测序(NGS)技术对患儿进行全外显子基因检测，对变异位点采用Sanger测序法进行验证。对变异位点进行生物信息学分析。结果 患儿主要的临床表现为小头畸形、下颌稍小、高腭弓、眼眦稍上斜、运动及认知发育落后。基因结果显示，患儿MCPH1基因存在第6外显子c.445G>A (Val149Lle)及第13外显子c.2312C>G (Pro771Arg)复合杂合变异。患儿父亲携带MCPH1基因c.445G>A杂合变异，母亲携带MCPH1基因c.2312C>G杂合变异，姐姐未检测到该变异。HGMD Pro、PubMed和ClinVar数据库无关于MCPH1基因c.445G>A和c.2312C>G变异的报道。ExAC数据库和千人基因组数据库中未收录MCPH1基因c.445G>A变异和c.2312C>G变异。Polyphen_2、SIFT、Mutation Taster在线软件预测MCPH1基因c.445G>A变异为良性(BH4)，MCPH1基因c.2312C>G变异为有害。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南评估2个变异均为可能致病的变异。结论 患儿临床表型高度符合小头畸形的诊断，但基因检测致病证据不充分。因此除MCPH1基因(8p23.1)区域突变外，可能还存在影响功能内含子区域的突变。